Como é monitorada a eficiência da síntese?

Nossas sintetizadoras automáticas são programadas para monitorar a eficiência de acoplamento através da detecção da detritilação. Funciona assim: cada base que se acopla ao oligo em produção, vem protegida por um agrupamento Tritil. Esse agrupamento é incolor, mas ao ser removido, gera uma coloração laranja. A intensidade dessa coloração é medida por espectrofotometria. Existe uma relação entre a absorbância detectada pelos monitores e a quantidade de moléculas de Tritil presentes. Assim, na detritilação, sabemos quantas bases acoplaram devidamente na fase de acoplamento.