Por que a eficiência de acoplamento afeta o rendimento da síntese?

A quantidade de oligos completos gerados na síntese depende da qualidade do processo e das propriedades inerentes ao método de síntese de oligos por adição de fosforamiditas em fase sólida. Aqui na Exxtend, procuramos maximizar a qualidade da síntese utilizando sempre reagentes de excelente qualidade, diluições frescas de amiditas, e fazendo sempre a manutenção das sintetizadoras automáticas. Entretanto, apesar de nossos esforços, a eficiência de acoplamento de bases em cada ciclo da síntese é de cerca de 99%. Ao final de todos os ciclos de síntese, a quantidade de oligos completos sintetizado se dá pela fórmula 0.99^(n-1), sendo n o número de bases do oligo completo. Isso significa que após a síntese, um oligo de 20 bases terá 81,8% de sequências completas e 18,2% de sequências truncadas. Uma queda de apenas 1% na eficiência de acoplamento resultaria na redução desse rendimento para 66,8% de sequências completas e 33,2% de sequências truncadas. Assim, fica claro que a eficiência de acoplamento é muito importante para o rendimento da síntese, e é por isso que nossas sintetizadoras automáticas monitoram a eficiência de acoplamento a cada ciclo! Além disso, após a síntese os oligos são purificados por dessalinização, RP-OPC ou HPLC, e chegam ao cliente ótimos para o uso!