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Purificações em Oligos: o que é e quais são as diferenças.


Na produção de oligonucleotídeos, além dos oligos completos também são geradas algumas impurezas, que são resíduos e subprodutos das reações envolvidas nos processos de síntese, de clivagem e de desproteção.



Por isso, o tipo de purificação a ser escolhido é importante para garantir o grau de pureza que sua pesquisa precisa.


Dessalinização: A coluna para dessalinização é composta de um gel poroso em que as partículas são separadas com base em seus tamanhos moleculares. Na dessalinização são removidos sais e oligos incompletos pequenos, mas não são removidas as sequências truncadas de tamanho próximo ao do oligo completo. Oligos dessalinizados são utilizados em PCR convencionais, pois as sequências incompletas não afetarão os resultados.


RP-OPC: O cartucho de purificação de oligonucleotídeos por fase reversa (Reverse-Phase Oligonucleotide Purification Cartridge) consiste em uma coluna preenchida por resina polimérica de alta performance. O método baseia-se na forte ligação entre a resina e agrupamento DMT que é deixado na extremidade 5’ somente do oligo completo, permitindo assim a eliminação dos sais e impurezas mais comuns e também das sequências truncadas que não tem o grupo DMT. É similar à purificação HPLC, mas com menor grau de pureza e é indicada para PCR, qPCR, sequenciamento, microarray,  blotting e clonagem.


HPLC: A Cromatografia líquida de alta eficiência (High Performance Liquid Chromatography) também baseia-se na afinidade entre oligos completos e a coluna. Entretanto, a HPLC vai ainda além da RP-OPC. O método utiliza um gradiente de concentração do conteúdo hídrico do reagente, retirando progressivamente as impurezas de acordo com o quão hidrofóbicas elas são. O processo de purificação é controlado por espectroscopia, assim conseguimos resgatar apenas os oligos completos, livres inclusive de restos de fluoróforos.  Indicamos purificação por HPLC para sondas, oligos marcados, oligos longos e para fins que exigem oligos muito puros.


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