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3/6/2024

Conheça as 13 variações da PCR

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A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) é uma técnica altamente versátil na área da biologia molecular, com aplicações amplamente difundidas em diversos campos de pesquisa. Ao longo do tempo, várias modificações foram desenvolvidas para aprimorar o protocolo da PCR, solucionar problemas específicos, superar desafios e otimizar o rendimento da amplificação do DNA.

Neste artigo, exploraremos algumas das principais variações da PCR e suas aplicações, destacando como essas técnicas podem ser adaptadas para atender às necessidades de experimentos específicos. 

O que é uma PCR?

A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) é uma técnica fundamental na biologia molecular que permite a amplificação exponencial de uma região específica do DNA. Essa técnica revolucionária tornou-se uma ferramenta essencial em uma ampla variedade de aplicações científicas, desde a pesquisa básica até o diagnóstico de doenças e a análise forense. 

A PCR envolve ciclos de aquecimento e resfriamento para desnaturalizar e replicar o DNA em uma amostra, produzindo milhões de cópias da região alvo. Isso permite a detecção e análise de sequências genéticas com alta sensibilidade e precisão.

Figura 1: Esquematização da PCR

PCR Hot-Start

 

A PCR Hot-Start é uma variação da PCR que melhora a especificidade e a sensibilidade da amplificação do DNA. Utiliza uma enzima termoestável inativada, que é ativada após um pré-aquecimento inicial. Esse pré-aquecimento impede a atividade enzimática durante a preparação da mistura de reação, evitando produtos inespecíficos e garantindo condições ideais para a amplificação.

Na PCR Hot-Start, a polimerase é mantida inativa a baixas temperaturas através de inibidores reversíveis ou modificações químicas. A ativação ocorre durante o pré-aquecimento a temperaturas acima de 95°C, removendo o inibidor ou revertendo a modificação química, permitindo que a enzima inicie a amplificação do DNA.

Nested PCR

 

A Nested PCR é empregada para aumentar a precisão na detecção de sequências específicas de DNA em amostras com baixa quantidade do alvo ou grande presença de material genético não específico. É comum em diagnósticos moleculares, identificação de patógenos, estudos de expressão gênica e análises forenses.

A técnica compreende duas etapas sequenciais de amplificação de DNA. Na primeira fase, primers externos amplificam uma região mais extensa do DNA-alvo. Os produtos dessa etapa servem como base para a segunda fase, onde primers internos específicos amplificam uma região menor e mais precisa dentro daquela previamente amplificada.

Há o risco de contaminação entre as etapas de amplificação, podendo gerar resultados falsos positivos ou incorretos caso não haja controle adequado.

PCR direta

 

A PCR direta é uma técnica que permite a amplificação do DNA diretamente a partir de amostras biológicas complexas, como sangue ou saliva, sem necessidade de extração ou purificação prévia. Utilizando reagentes e enzimas específicos para lidar com inibidores presentes na amostra, a PCR direta simplifica o protocolo, economiza tempo e reduz o risco de contaminação, mantendo a eficiência e a precisão da amplificação do DNA.

Esta técnica é especialmente vantajosa em diagnósticos clínicos, permitindo testes rápidos para patógenos diretamente de amostras de pacientes, e em pesquisas de campo, facilitando análises genéticas fora do laboratório. Além disso, é útil na biologia forense, proporcionando processamento rápido de evidências biológicas em comparação com métodos tradicionais.

PCR de fragmentos ricos em GC

 

A PCR de fragmentos ricos em GC é uma técnica especializada para amplificar regiões de DNA com alto conteúdo de guanina e citosina (GC). Essas regiões são desafiadoras devido à sua estrutura estável e forte ligação de hidrogênio, dificultando a desnaturação e o anelamento dos primers. 

Para superar esses obstáculos, a técnica utiliza condições específicas de reação, como agentes desnaturantes (DMSO ou betaina) e temperaturas de desnaturação mais altas. Além disso, envolve o uso de primers altamente específicos e enzimas polimerases resistentes a inibidores.

 

PCR touchdown

A PCR touchdown é uma estratégia de amplificação da PCR que envolve ciclos de amplificação com temperaturas de anelamento gradualmente reduzidas a cada ciclo. Essa abordagem visa aumentar a especificidade da amplificação, reduzir a formação de produtos inespecíficos e melhorar a eficiência geral do processo.

Durante os primeiros ciclos de amplificação, a temperatura de anelamento é definida acima da temperatura de fusão dos primers, garantindo a especificidade da ligação entre os primers e o DNA alvo. Conforme os ciclos progridem, a temperatura de anelamento é reduzida gradualmente, permitindo que os primers se liguem de forma mais eficiente às sequências específicas de DNA.

 

PCR rápida

A PCR Rápida é uma técnica utilizada para acelerar o processo de amplificação de DNA, reduzindo significativamente o tempo necessário para obter resultados. É especialmente útil em situações onde a rapidez é essencial, como em diagnósticos rápidos de doenças infecciosas ou monitoramento de epidemias.

Esta técnica utiliza enzimas termoestáveis altamente eficientes e otimizações nas condições de reação para permitir uma amplificação mais rápida. Os ciclos de amplificação são executados em um tempo reduzido, muitas vezes de 30 a 60 minutos, em comparação com as 2 horas necessárias na PCR convencional.

PCR multiplex

 

Para a amplificação simultânea de múltiplos alvos de DNA em uma única reação, a PCR multiplex é uma técnica poderosa. Essa abordagem eficiente e econômica é amplamente empregada em diagnósticos moleculares, estudos genéticos e pesquisas de expressão gênica, facilitando a detecção de múltiplos genes ou sequências genômicas em uma única análise. 

No procedimento, primers específicos para cada alvo são utilizados, juntamente com fluoróforos ou sondas distintas para diferenciar os produtos amplificados, proporcionando um meio preciso e confiável de identificar e quantificar múltiplos fragmentos de DNA em uma única reação.

PCR longa

Quando o objetivo é amplificar fragmentos de DNA maiores do que os amplificados pela PCR convencional, a PCR longa é a técnica indicada. 

Ela envolve a otimização das condições de reação, como concentração de primers, enzimas e ciclos de amplificação prolongados, para permitir a amplificação eficiente de fragmentos maiores.

 

PCR inversa

A amplificação de sequências de RNA pode ser alcançada com a PCR inversa, também conhecida como PCR reversa. 

Essa técnica envolve a transcrição reversa do RNA em cDNA, que pode ser amplificado posteriormente por PCR convencional.

 

PCR em tempo real

A PCR em tempo real, ou qPCR, é uma técnica avançada que permite detectar e quantificar a amplificação do DNA conforme ela acontece. Diferentemente da PCR tradicional, que apenas amplifica o DNA, a qPCR usa sondas ou corantes fluorescentes específicos para acompanhar a amplificação em tempo real. 

Isso possibilita determinar com precisão a quantidade inicial de DNA alvo na amostra, oferecendo informações detalhadas sobre expressão gênica, carga viral e presença de mutações genéticas instantaneamente.

PCR digital

A PCR digital representa um avanço na qPCR, aprimorando sua sensibilidade e permitindo a detecção de eventos raros, como mutações de um único nucleótido em meio a uma população predominante de sequências. Ao mitigar a competição entre os alvos, ela supera os desafios da amplificação de sequências escassas, viabilizando a quantificação precisa e sensível de ácidos nucleicos.

Nesse método, a amostra é dividida em milhares de compartimentos, cada um projetado para conter zero ou poucas moléculas de molde. Esses compartimentos funcionam como reações de PCR individuais, identificando o DNA alvo amplificado por meio de sondas fluorescentes. A análise estatística de Poisson determina a quantidade absoluta de DNA, independentemente do número de ciclos de amplificação, oferecendo uma precisão superior para a detecção de sequências raras e análise de variação no número de cópias.

 

PCR-RFLP

A PCR-RFLP, abreviação de Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism, é uma técnica que combina a amplificação de DNA pela PCR com a análise de Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP). Essa abordagem é utilizada para identificar variações no DNA, como mutações ou polimorfismos, que resultam em mudanças nos sítios de restrição enzimática.

No processo da PCR-RFLP, a região de interesse do DNA é amplificada por PCR e, em seguida, as moléculas de DNA resultantes são digeridas com enzimas de restrição específicas. Essas enzimas de restrição cortam o DNA em fragmentos de diferentes comprimentos, dependendo das variações nos sítios de restrição. Os fragmentos resultantes são então separados e visualizados por eletroforese em gel, permitindo a identificação das diferentes formas alélicas com base nos padrões de fragmentos gerados.

PCR-ARMS

Por fim, a PCR-ARMS (Amplification Refractory Mutation System) é uma técnica especializada usada para detectar mutações específicas de um único nucleotídeo em um gene.

Nesse método, são projetados primers específicos para amplificar seletivamente o alelo normal ou mutante. Durante a amplificação, a presença ou ausência do produto amplificado indica a presença do alelo correspondente.

As variações da PCR apresentam uma ampla gama de opções adaptáveis às necessidades específicas de cada experimento. Essas técnicas aprimoradas tornam a PCR ainda mais versátil e amplamente aplicável em diversas áreas da pesquisa biológica. O conhecimento e a aplicação adequada dessas variações proporcionam maior sensibilidade, especificidade e eficiência nas análises moleculares, contribuindo para avanços significativos na ciência e na medicina.

Referências

MONA.Técnica de PCR: Você conhece os principais tipos? Disponível em: https://biolinker.tech/tecnica-de-pcr-voce-conhece-os-principais-tipos/

CÂMARA, Brunno. Diferença entre PCR e Nested PCR. Disponível em: https://www.biomedicinapadrao.com.br/2018/01/diferenca-entre-pcr-e-nested-pcr_9.html

Vários autores. Entenda como funciona a PCR Digital da Bio-Rad e suas principais aplicações. Disponível em: https://www.bio-rad.com.br/ciencias-da-vida/entenda-como-funciona-a-pcr-digital-da-bio-rad-e-suas-principais-aplicacoes/

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